가입 후 3년 지난 ISA를 보유한 당신이 꼭 점검해야 할 5가지
글 : 미래에셋투자와연금센터 2025-11-12

“ISA 가입기간 3년이 지났는데 어떻게 해야 할까요?”
가입 후 3년이 지난 ISA를 해지하면 계좌에서 발생한 투자소득에 대해 비과세나 저율과세 혜택을 받는다. 하지만 의무가입기간을 채웠다고 무작정 해지부터 생각하는 것은 금물이다. ISA 잔고가 얼마나 되는지, 수익은 얼마나 올렸는지 점검해야 할 사항들이 많다. ISA를 당장 해지했을 때 얻게 될 혜택과 계좌를 해지하지 않고 운용을 이어갈 때 얻게 될 이점을 따져봐야 한다.
지금부터 가입 후 3년이 지난 ISA를 보유한 투자자가 점검해야 할 것은 무엇인지 알아본다.
Check 1 만기까지 얼마나 남았는가
가장 먼저 확인할 사항은 만기다. 우선 만기와 의무가입 기간은 다르다는 것을 알아둘 필요가 있다. 가입자는 3년부터 수십 년까지 만기를 설정할 수 있는데, 만기와 상관없이 의무가입기간 3년만 지나면 중도해지하더라도 비과세 및 저율과세 혜택을 받을 수 있다.
가입 후 3년이 지났다면 아직 만기까지 기간이 남았더라도 만기를 앞당겨 해지할 수 있다. 반대로 만기가 얼마남지 않았다면 만기를 연장해 계속 운용할 수 있다. ISA의 세제혜택은 만기일 이후 30일 이내에 수령한 배당이나 이자, 자산 매도가 완료돼 실현된 소득에 대해 적용한다. 기한 후에 실현된 소득은 일반과세한다.
문제는 ISA 내에서 운용 중인 금융상품의 만기가 그 기한보다 긴 경우다. 해당 금융상품에서 발생할 이자·배당소득에 대해서도 세제혜택을 받으려면 기한 내에 중도해지를 해야 한다. 이때 중도해지이율을 적용받는 등 손해를 볼 수 있다. 이를 피하려면 ISA의 만기를 연장해야 한다. ISA의 만기 연장은 만기일 기준 3개월 이전부터 하루 전까지의 영업일 중에서만 가능하다. 만기일이 도래하면 더 이상 연장을 할 수 없다. 만기 연장은 금융회사 지점을 방문하는 등 직원의 도움을 받아서 할 수도 있지만 간편하게 모바일 앱으로도 가능하다.
만기가 가까워지면 금융회사에서 문자 등을 통해 주기적으로 알림 메시지를 보낸다. 평소 금융회사에서 보낸 알림을 지나치는 경우가 많다면 미리 만기일을 기록해 놓는 것이 좋다. 만기일은 홈페이지 또는 모바일 앱의 ISA 계좌 현황 화면에서 조회할 수 있다.
Check 2 납입한도 얼마나 남아있는가
ISA 연간 납입한도는 2000만원이며 그해 채우지 못한 납입한도는 누적 이월된다. 총 납입한도는 1억원이다. 기존에 재형저축이나 소득공제장기펀드에 가입했다면 각각의 연간 납입한도만큼 ISA의 연간 납입한도가 차감된다.
ISA의 잔여 납입한도가 충분하다면 서둘러 해지할 이유가 없다. 물론, ISA에서 200만원(또는 400만원)의 비과세 한도를 초과할 정도의 큰 수익을 냈다면 해지 후 ISA에 재가입해 납입한도 및 비과세 한도를 새로 적용 받는 것을 고려해볼 수 있다. 하지만 그렇지 않다면 최대한 ISA 절세혜택을 누리기 위해 적립금을 늘리고 운용을 지속하는 것이 좋다.
특히 가입만 해놓고 적립을 하지 않았다면 ISA를 적극 활용할 필요가 있다. 최대 1억원까지 적립 가능하며 계좌 내에서 발생한 소득에 대해 비과세 및 저율과세 혜택을 볼 수 있는 금융상품을 보유하고 있는 것이기 때문이다.
Check 3 과세 대상 수익은 얼마인가
ISA의 핵심 혜택은 비과세다. ISA에서 제공하는 비과세 혜택은 계좌 유형별로 한도가 다른데, 일반형 ISA는 200만원, 서민형 ISA는 400만원이다. 비과세 한도를 채우지도 못한 상태에서 해지한다면 ISA 본연의 혜택을 제대로 누리지 못한 셈이다.
비과세 한도를 얼마나 채웠는지는 어떻게 알 수 있을까. 계좌에 나타난 수익금을 보고 ‘비과세 한도는 이만큼 채웠구나’라고 가늠하면 안 된다. 홈페이지 또는 모바일 앱의 ISA 계좌 현황 화면을 통해 실제 비과세 혜택을 받게 될 소득 금액을 확인해야 한다. 이렇게 차이가 발생할 수 있는 이유는 무엇일까. 바로 ISA 특유의 손익통산 방법 때문이다.
ISA의 세제혜택은 자산의 매매차익(손)은 물론 배당금(분배금)·이자를 모두 손익통산한 순이익에 대해 적용한다. 100만원의 배당을 받았는데 -50만원의 매매차손이 있다면 현재 순이익은 50만원이다. 뿐만 아니라 자산별로 손익통산 계산 방법이 다르다. 특히 국내주식과 국내 주식형 펀드/ETF의 손익통산 방법을 잘 이해해야 한다. ISA의 손익통산 방법에 대한 자세한 내용은 8p. 하단에서 확인할 수 있다.
현재 ISA 내 총소득이 비과세 한도를 채웠다면 해지해도 좋다. 참고로 비과세 한도를 초과한 순이익에 대해서는 9.9% 세율(지방소득세 포함)로 분리과세한다. 비과세 한도를 모두 채우지 못했더라도 우선 해지한 다음 ISA에 재가입해 비과세 한도를 새로 부여받는 것도 방법이 될 수 있다.
하지만 최종적으로 손실을 보고 있다면 ISA를 유지하는 것이 좋다. 만약 일반형 ISA에서 -200만원의 손실을 보고 있다면 해당 손실분에 비과세 한도를 더해 앞으로 총 400만원의 소득에 대해 비과세 혜택을 받을 수 있는 셈이다.

서민형 ISA 가입자, 전년 소득 얼마인가
ISA는 한 번 해지하고 끝이 아니다. 해지 후 바로 신규 계좌를 개설해 운용을 이어갈 수 있다. 재개설한 ISA는 납입한도와 비과세 한도를 새로 부여받는다.
서민형 ISA에 가입 중이라면 해지하기 전 소득 요건도 체크해야 한다. 서민형 ISA의 비과세 한도는 400만원으로(일반형 200만원) 전년도 종합소득이 3800만원(근로 소득만 있는 경우 총급여 5000만원) 이하여야 가입할 수 있다. 따라서 그간 소득이 오르면 서민형 ISA에 재가입하지 못하는 상황이 발생할 수 있다.
전년도 소득 확정은 올해 7월 이루어진다. 전년도 소득을 알 수 없는 1월에서 6월 사이에 가입을 신청한 경우 어떻게 될까. 이 경우엔 전전년도 소득을 기준으로 서민형 ISA 가입 요건을 따진다. 하반기에 가입 신청을 하는 경우 원칙대로 전년도 소득이 기준이 된다.
소득이 올라 서민형 ISA에 재가입할 수 없는 상황이면서 아직 비과세 한도를 다 채우지 못했다면 계좌를 유지하는 것이 낫다. 비과세 한도를 모두 채웠다면 해지한 후 일반형 ISA로 재가입하는 것을 고려해볼 수 있다. 한편 서민형 ISA를 만기 연장할 때도 계좌를 가입할 때와 마찬가지로 전년도 소득 요건을 점검한다. 장래에 소득이 올라 서민형 ISA 가입 요건을 충족하지 못하게 될 것 같다면 미리 만기를 길게 설정해 놓는 것이 좋다.
3년간 금융소득종합과세 대상자 된 적 있나
금융소득종합과세 대상자가 된 적이 있는지도 점검해야 한다. ISA는 개설 신청일 기준 직전 3개년 동안 한 번이라도 금융소득종합과세 대상자가 되었다면 개설할 수 없다. 금융소득종합과세는 연간 금융소득(이자소득 +배당소득)이 2000만원을 초과한 경우 해당된다. 2024년에 연간 금융소득이 2000만원을 초과했다면 적어도 2027년까지는 ISA를 개설할 수 없다.
직전연도 금융소득종합과세 대상 여부도 올해 7월 확정된다. 그렇다면 올해 1~6월 ISA에 가입을 신청한 경우 어떻게 될까. 이 경우 우선 직전 3개년 중 앞의 2개년을 기준으로 금융소득종합과세 여부를 점검한다. 해당 기간 중 금융소득종합과세 대상이 된 적이 없다면 우선 ISA 가입을 허가한다.
7월이 지나 확정된 직전연도 소득을 따져보니 금융소득 종합과세 대상이었다면 가입 8~9월 중 부적격 통지를 내린다. 부적격 통지를 받은 ISA는 해지되며 그간 계좌 내 발생한 소득에 대해선 일반과세한다.
그간 종합소득신고 내역을 살핀 결과 직전 3개년 동안 금융소득종합과세 대상자가 된 적이 한 번이라도 있다면 ISA를 유지하는 것이 낫다. ISA에선 비과세 한도를 넘어선 소득은 그 금액이 얼마든 간에 9.9% 세율로 분리과세하는 혜택을 제공하기 때문이다.
참고로 금융소득종합과세 여부는 만기를 연장할 때도 점검한다. 따라서 추후 재가입 요건을 충족하지 못하게 되는 상황을 미연에 방지하기 위해 만기일은 최대한 멀리 설정해두는 것이 좋다.
국내주식 매매차익 200만원인데 비과세 한도 찬 건가요?
ISA에서 비과세 혜택을 적용할 총소득을 계산할 때는 특유의 손익통산 방법을 따른다. 우선 같은 자산 유형 내에서 양도·배당·이자 등 소득별로 손익을 통산한 다음 자산 간 손익을 통산해 총소득을 도출한다. 이때 국내주식과 국내주식형 펀드/ETF의 손익통산 방법에 유의해야 한다.
국내주식의 경우, 먼저 계좌 내 전체 양도소득, 즉 매매차익과 차손을 상계한다. 이때 최종적으로 매매차익이 발생한다면 해당 이익은 손익통산에 포함시키지 않는다.
하지만 최종적으로 매매차손이 발생한다면 이는 손익통산에 포함시킨다. 예컨대 XX전자 주식에서 -200만원의 매매차손을 입었고 XX증권 주식에서 100만원의 매매차익을 얻었다면 -100만원의 매매차손을 다른 손익과 통산한다.
반면 국내주식형 펀드와 ETF의 경우 계산 방법이 다르다. 국내 주식형 펀드 및 ETF의 양도소득의 경우 매매차익뿐 아니라 매매차손도 손익통산에 포함시키지 않는다.
채권 역시 매매차익과 차손 모두 손익통산 계산에 포함시키지 않지만 반대로 채권형 펀드나 ETF의 매매차익과 차손은 모두 포함시킨다.
한편 국내주식의 배당금, 국내주식형 펀드/ETF 분배금, 채권 이자는 손익통산에 포함시킨다. 이외의 자산에서 발생한 모든 손익은 통산한다.

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